pokud se objevují eventy ohledně indexů Event ID: 1012 nebo Event ID: 1009 s vazbou na konkrétní db je na to řešení.

Ověřit status indexů: Get-MailboxDatabaseCopyStatus * | ft -auto

Stopnou následující služby:
•Microsoft Exchange Search Host Controller
•Microsoft Exchange Search

[PS] C:\>stop-service MSExchangeFastSearch

[PS] C:\>stop-service HostControllerService
Zjistit kde je daná db uložená:
Get-MailboxDatabase DB01 | select EdbFilePath

V cestě je pak podsložka s názvem GUID, tu celou smazat.

Opět nastartovat služby
[PS] C:\>start-service MSExchangeFastSearch

[PS] C:\>start-service HostControllerService

Index se začne opět budovat, trvá od několika minut do hodiny, pak opět ověřit status indexů: Get-MailboxDatabaseCopyStatus * | ft -auto.
A to je vše….
Zdroj:
http://practical365.com/exchange-server/fix-failed-database-content-index-exchange-2013/